Die Jakobikirche ist die „kleinste“ unter den drei großen Backsteinbasilikas in Stralsund. Sie wurde erstmals 1303 urkundlich erwähnt. Bis ins 17. Jahrhundert hinein krönte ein gotischer Turmhelm die 72m lange und 32m breite Kirche. Dieser ging durch einen Brand verloren und durch einen barocken Turmhelm ersetzt.
Im Krieg erhielt die Kirche einen Bombentreffer im 11. südlichen Joch, der Teile der Dachkonstruktion und Gewölbebögen zerstörte. Notsicherungsmaßnahmen erfolgten ab 1949. In der Zwischenzeit war das Gebäude dem Verfall und Plünderungen ausgesetzt, die u.a. zum Verlust von wertvollem Kulturgut und der weitgehenden Zerstörung der Mehmel Orgel führte. Zwischen 1950 und 55 wurde durch das Baugeschäft Viernow der Gustav Adolph Saal in einer völlig neuen Ebene eingebaut.
Nach 1989 begannen umfangreiche Bauarbeiten im Inneren und Äußeren der Kirche. 2008 wurde die Treuhandstiftung „Kulturkirche St. Jakobi“ von der Hansestadt Stralsund und der Kirchengemeinde St Jakobi-Heilgeist Stralsund gegründet, die unter dem Dach der Deutschen Stiftung Denkmalschutz arbeitet.
Im Inneren sind noch wertvolle Reste der einst reichen Ausstattung zu finden:
- barockes Orgelprospekt (1733-41) des Stralsunder Bildhauers Michael Müller
- Renaissancekanzel (1635) von Hans Lucht, sie gilt als die schönste Kanzel Vorpommerns
- Barockaltar (1786-88)
Die Herbert-Ewe-Stifung Altstadt Stralsund und das Bürgerkomitee „Rettet die Altstadt Stralsund“ e.V. haben in den vergangenen Jahren die Arbeiten finanziell und mit engagierter Unterstützung begleitet. So konnte 2021 die Rekonstruktion der Jakobi-Orgel endlich abgeschlossen werden. Weitere Arbeiten an den Schätzen der Innenausstattung sind erforderlich.