Die Orgel in der Jakobikirche wurde 1870-1877 von Friedrich Albert Mehmel aus Stralsund mit 68 Registern, verteilt auf vier Manuale und Pedal, erbaut.
Die am Ende des Zweiten Weltkrieges ausgeplünderte Mehmel-Orgel soll, im Anschluss an die Restaurierung der Orgeln in St. Marien und St. Nikolai, in den kommenden Jahren ebenfalls vollständig wieder hergestellt werden. Entsprechend der für die jetzige Kulturkirche St. Jakobi vorgesehenen Nutzungskonzeption wird das Instrument dann wieder bei verschiedensten Konzerten und Festveranstaltungen erklingen. Vorerst wurden eine Bestandssicherung und Holzschutzbehandlung durchgeführt. Das gewaltige, hochromantische Werk fand schon bei seiner Fertigstellung höchste Anerkennung.
Musikdirektor Otto Wangemann bezeichnete die Orgel als eines der schönsten Kunstwerke Deutschlands.
Der symphonische und orchestral geprägte Klang des Werkes wird seine Entsprechung finden in der großen, virtuosen Orgelmusik des 19. und frühen 20. Jahrhunderts – beispielsweise in den Kompositionen von Liszt, Reubke, Brahms, Rheinberger und Reger. Wohl kaum eine andere Stadt Europas dürfte Musikern und Hörern die Möglichkeit bieten, Orgelmusik aus einem Zeitraum eines halben Jahrtausends auf historischen Instrumenten der „Extraklasse“ erleben zu können.
Der Mehmel-Orgel in St. Jakobi kommt im Dreigestirn dieser Instrumente eine herausragende Bedeutung zu. Sie ist Stralsunds ureigenster Beitrag zur Geschichte des Orgelbaus, geschaffen von einem angesehenen Meister, der in unserer Stadt selbst wirkte. Der Zufall will es, dass gerade die jetzige Kulturkirche St. Jakobi eine Orgel besitzt, die in einer Zeit entstand, da die Orgel mehr und mehr ihren Platz in den Konzertsälen fand. Virtuose Konzertliteratur wird diesem Instrument mit seinen fein differenzierten Einzelfarben und einem mächtigen, dunklen Tuttiklang entsprechen und angemessen sein. Die Orgel ist ein Instrument der Superlative. Als einzige der Stralsunder Orgeln besitzt sie vier Manuale. Sie ist überhaupt eine der größten rein mechanischen Orgeln Deutschlands. Als einzige der Stralsunder Orgeln vereinigt sie zwei Kunstepochen in sich. Die prächtige barocke Fassade von 1741 – ebenfalls Werk eines Stralsunders – umschließt ein Klangwerk, das 130 Jahre jünger ist. Die Mehmel-Orgel in der Kulturkirche St. Jakobi wird nach ihrer Wiederherstellung nicht nur für Konzerte und Festveranstaltungen verschiedenster Art Bedeutung haben. Sie ist auch ein exzellentes Instrument, wenn es um die Ausbildung von Organisten geht. Spielweise und Registrierungskunst der großen, romantischen Orgelwerke können an nahezu keiner anderen Orgel Europas so hervorragend vermittelt werden. Innerhalb der Internationalen Meisterkurse für Organisten, die das Baltische Orgel Centrum e.V. in Stralsund organisiert, wird das Instrument darum eine herausragende Rolle spielen und viele Interessierte anlocken.
Martin Rost, Baltisches Orgel Centrum e. V.